Nájmy, SVJ (společenství vlastníků jednotek), bytové družstvo, nájemné

Domnívám se, že ve Vašem případě má pravdu nájemce.
Ustanovení nájemní smlouvy o „propadnutí kauce“ (jako penále) v případě předčasného ukončení nájemního vztahu (předpokládám, že nájemní smlouva byla uzavřena na dobu určitou) ze strany nájemce je tzv. absolutně neplatné z důvodu jeho rozporu s dobrými mravy (§ 39 Občanského zákoníku). Absolutní neplatnost znamená, že předmětné ustanovení nájemní smlouvy je neplatné od samého počátku, nemohlo tedy přivodit žádné právní následky a smluvní strany jím nebyly vázány (je tedy nerozhodné, že s ním podpisem smlouvy souhlasily, nemusely s ním tedy ani vyslovit svůj nesouhlas).
V této souvislosti je nutné si uvědomit, že není možné kohokoli penalizovat za uplatnění jeho práv. Nájemce má ze zákona právo ukončit nájemní vztah buď jednostranně (výpovědí) či v součinnosti s pronajímatelem (dohodou). Neboť ve Vašem případě nájemce jednoho z těchto práv využil (a Vy jako pronajímatel jste s tím souhlasil, neboť byla uzavřena dohoda), nejedná se o porušení nájemní smlouvy (a penalizace je proto vyloučena).
Dle § 686a/3 Občanského zákoníku nedohodnou-li se pronajímatel s nájemcem jinak, je pronajímatel oprávněn použít kauci k úhradě pohledávek na nájemném a k úhradě za plnění poskytovaná v souvislosti s užíváním bytu nebo k úhradě jiných dluhů nájemce v souvislosti s nájmem, přiznaných vykonatelným rozhodnutím soudu nebo nájemcem písemně uznaných. Sousloví „nedohodnou-li se pronajímatel s nájemcem jinak“ však nelze chápat tak, že by bylo možné sjednat v nájemní smlouvě cokoli (tedy např. penalizaci jsoucí v rozporu s dobrými mravy), zákon zde spíše předpokládá možnost zúžit uvedený výčet (kdy by byl pronajímatel např. oprávněn použít kauci pouze k úhradě pohledávek na nájemném, nikoli již k úhradě pohledávek za plnění poskytovaná v souvislosti s užíváním bytu).
Lze Vám proto doporučit nájemci kauci neprodleně vrátit (a to včetně úroků z prodlení, na které má nájemce právo), dle § 686a/4 Občanského zákoníku jste k vrácení kauce povinen nejdéle do jednoho měsíce ode dne, kdy nájemce byt vyklidil a předal Vám, nedohodnete-li se s nájemcem jinak. V opačném případě bude nájemce oprávněn podat na Vás u soudu žalobu na vrácení bezdůvodného obohacení.